Teoria ewolucji z perspektywy XXI wieku.

Jakie implikacje niesie za sobą analiza najnowszych odkryć w epigenetyce i naturalnej inżynierii genetycznej dla teorii ewolucji? Jaką niezwykłą, aktywną rolę według tych danych odgrywa DNA w procesie przemian adaptacyjnych? James A. Shapiro zaproponował nowy paradygmat, który może okazać się przełomowy nie tylko dla biologii ewolucyjnej, ale całkowicie zmienić nasz obraz funkcjonowania życia. Przedstawia nowe, kluczowe świadectwa molekularne, które podają w wątpliwość standardowe ujęcie przedstawiane w ramach neodarwinizmu. Na gruncie naturalizmu metodologicznego autor rozwija koncepcję naturalnej inżynierii genetycznej, zgodnie z którą komórki mają zdumiewającą zdolność do modyfikowania materiału genetycznego w odpowiedzi na stres środowiskowy. Oznacza to nie tylko, że DNA może ulegać drobnym modyfikacjom pod wpływem zmieniających się warunków środowiska, ale także, że mogą powstawać zupełnie nowe struktury DNA odpowiedzialne za ewolucyjne nowości. Shapiro argumentuje, że koncepcje naturalnej inżynierii genetycznej, horyzontalnego transferu genów, hybrydyzacji międzygatunkowej, duplikacji genomu i symbiogenezy wskazują na potrzebę zmian w biologii ewolucyjnej, która dzięki temu może zejść ze ścieżki spekulacji i wkroczyć na drogę empirycznie potwierdzonej teorii mogącej ostatecznie rozwiązać darwinowską tajemnicę tajemnic, czyli wyjaśnić pochodzenie całej bioróżnorodności.

Spis treści Podziękowania do wydania drugiego, poszerzonego 11 Wprowadzenie do wydania drugiego, poszerzonego. Jak naprawdę działa ewolucja i dlaczego jest to ważne dla naszego zdrowia i przyszłości 13 Zdumiewający i niesamowity sposób, w jaki bakterie rozwinęły oporność na antybiotyki 13 Rak pojawia się w wyniku urazu, który inicjuje procesy makroewolucyjne odpowiedzialne za pojawienie się komórek działających przeciwko nam 14 Czego bakterie nauczyły mnie o ich nieoczekiwanej zdolności do mobilizowania DNA 16 Znaczenie trafnego zrozumienia ewolucji w kontekście raka i oporności na antybiotyki 17 Artykułowanie i aktualizacja dwudziestopierwszowiecznego poglądu na ewolucję – uznanie faktu, że żywe organizmy są zdolne do przeprojektowania swoich genomów RW 21 Genomy zawierają więcej informacji niż geny i kodują nie tylko białka 25 Nasze życie zależy od ukierunkowanego kontrolowanego NGE. Ewolucja stworzyła tę możliwość więcej niż raz 29 Co drugie wydanie ma przekazać czytelnikom nieakademickim 32 Co drugie wydanie ma przekazać czytelnikom akademickim 33 Myśl przewodnia książki: aktywna ewolucja jest niezbędna do utrzymania życia 35 Część I: Posty umieszczone na blogu, wyrażające potrzebę nowego spojrzenia na ewolucję w XXI wieku 41 Czy dobór naturalny rzeczywiście wyjaśnia sukces ewolucyjny? 43 Fuzje komórkowe i ewolucja nowych form życia: symbiogeneza, a nie dobór 46 Co jest kluczem do realistycznej teorii ewolucji? 50 Więcej dowodów na prawdziwą naturę zmian ewolucyjnych DNA 53 Czym jest, a czym nie jest naturalna inżynieria genetyczna 56 Ku pamięci Carla Woese’a (1928–2012), najznamienitszego biologa ewolucyjnego XX wieku 60 Hybrydyzacja międzygatunkowa i introgresja w ewolucji zwierząt 63 Jaki jest najlepszy sposób radzenia sobie z supernaturalistami w nauce i teorii ewolucji 66 Część II: Posty umieszczone na blogu, omawiające poszczególne zagadnienia dotyczące ewolucji 71 II.A. Oporność bakterii na antybiotyki 73 Lekcje ewolucji od organizmów opornych na antybiotyki 73 Różne role doboru, poziomego transferu i naturalnej inżynierii genetycznej w niebezpiecznej ewolucji organizmów opornych na antybiotyki 78 II.B. Aktywna biologicznie pośrednia zmiana genomu 83 Barbara McClintock, promieniowanie rentgenowskie oraz samoświadome, samoleczące komórki 83 Barbara McClintock, samonaprawa genomu i percepcja komórkowa – rewolucyjna wizja przyszłości biologii 87 Evelyn Witkin, Jean Weigle – odpowiedź SOS oraz sposób, w jaki bakterie E. coli wytwarzają mutacje w wyniku ekspozycji na promieniowanie U 93 W jaki sposób naturalna inżynieria genetyczna rozwiązuje problemy związane z ewolucją białek 97 Znaczenie ewolucyjne poziomego transferu DNA w liniach zarodkowych zwierząt 100 Poziomy transfer DNA zachodzi pomiędzy królestwami we wszystkich kierunkach, bakterie zakaźne ewoluują w wyniku pozyskiwania domen białek z eukariotycznych gospodarzy 104 Podejście drugie: dlaczego rekombinacja genetyczna nie jest procesem losowym i w jaki sposób komórki zyskują na tej nielosowości 108 Czy komórki mogą ukierunkować naturalną inżynierię genetyczną do pożytecznych skutków ewolucji? 110 Ewolucja eksperymentalna I: jak możemy obserwować działanie naturalnej inżynierii genetycznej w czasie rzeczywistym? 115 Ewolucja eksperymentalna II: więcej sposobów, by obserwować naturalną inżynierię genetyczną w czasie rzeczywistym 118 II.C. Oporność bakterii na antybiotyki 123 Celowa, ukierunkowana inżynieria genetyczna w ewolucji układu immunologicznego (część I) 123 Twoje życie zależy od „niemożliwego”, którego dokonują komórki układu immunologicznego – celowa, ukierunkowana inżynieria DNA (część II) 126 II.D. Naturalna inżynieria genetyczna sieci komórkowych i genomicznych 131 Ewolucja sieci: w jaki sposób naturalna inżynieria genetyczna buduje obwody w genomie 131 Bob Dylan, ENCODE oraz teoria ewolucji: Czasy wciąż się zmieniają 135 Dalsze przemyślenia nad debatami o ENCODE i śmieciowym DNA 138 Powtórzenia ruchomego DNA i formatowanie transkrypcyjne genomu ssaka w toku ewolucji 141 II.E. Percepcja komórkowa w regulowaniu sposobu funkcjonowania genomu i inżynierii 149 Percepcja komórkowa i podejmowanie decyzji przez komórki 149 Żywe komórki, złożone systemy oraz ekonomia 153 DNA jako poezja – wiele przekazów zawartych w jednej sekwencji 156 Część III: Teoria ewolucji z perspektywy XXI wieku (pierwsze wydanie) 303 Część IV: Uzupełniające pierwsze wydanie moje prace naukowe opublikowane w czasopismach naukowych 425 Jak życie zmienia się samoistnie: genomy odczytu–zapisu 427 Żywe organizmy w procesie ewolucji tworzą genomy odczytu–zapisu 507 Żaden genom nie jest wyspą 643 Wszystkie żywe komórki są kognitywne 709 O autorze 736 Spis ilustracji 765 Dostępne do pobrania po zeskanowaniu kodu QR: Słowniczek Indek osobowy Indeks rzeczowy Bibliografia