Onkogenetyka

Publikacja stanowi kompleksowe opracowanie poświęcone zagadnieniom z zakresu onkogenetyki, uwzględniające zarówno aspekty dziedzicznych predyspozycji do nowotworów, jak i analizę wariantów somatycznych mających znaczenie w diagnostyce i leczeniu. Monografię przygotowali eksperci z różnych dziedzin medycyny – genetycy, onkolodzy, dermatolodzy, biolodzy molekularni oraz prawnicy. Onkogenetyka jest skierowana przede wszystkim do lekarzy, genetyków, biologów molekularnych, diagnostów laboratoryjnych.

Część I. Aspekty kliniczne wybranych nowotworów 1 1. Dziedziczne uwarunkowanie raka piersi i jajnika – Cezary Cybulski, Jacek Gronwald, Jan Lubiński 3 Wstęp 3 Wprowadzenie 4 Kryteria rodowodowo-kliniczne dziedzicznego raka piersi i/lub jajnika 5 Badania kontrolne zalecane na podstawie rodowodowo-klinicznego rozpoznania zespołów HBC-ss, HBOC i HOC 6 Mutacje związane z predyspozycją do raka piersi i jajnika 8 Diagnostyka mutacji dla raka piersi i/lub jajnika – specyfika polskiej populacji 8 Mutacje genów BRCA1/2 10 Charakterystyka mutacji 10 Postępowanie medyczne u kobiet z mutacją genów BRCA1 lub BRCA2 11 Mutacje genu PALB2 16 Mutacje genu CHEK2 18 Mutacje genu NBN (NBS1) 21 Podsumowanie 22 2. Genetyka raka jelita grubego – Weronika Bulska-Będkowska, Jerzy Chudek 27 Wstęp 27 Charakterystyka kliniczna 27 Dziedziczne zespoły predyspozycji do raka jelita grubego 28 Zaburzenia genetyczne w sporadycznych nowotworach jelita grubego 32 Nowotwory wyrostka robaczkowego 39 Diagnostyka 40 Diagnostyka dziedzicznych zespołów predyspozycji do raka jelita grubego 40 Diagnostyka genetyczna nowotworów jelita grubego 42 Poradnictwo i badania rodzinne 43 3. Rak płuca – zaburzenia somatyczne i germinalne oraz ich znaczenie kliniczne – Adam Szpechciński, Aleksandra Jezela-Stanek, Joanna Chorostowska-Wynimko 53 Wprowadzenie 53 Istotne klinicznie zaburzenia molekularne o charakterze somatycznym 54 Gen EGFR 55 IKT EGFR pierwszej i drugiej generacji 57 IKT EGFR trzeciej generacji 58 Oporność na leczenie IKT EGFR 58 Gen ALK 60 IKT ALK pierwszej generacji 61 IKT ALK drugiej generacji 61 IKT ALK trzeciej generacji 62 Oporność na leczenie IKT ALK 62 Gen ROS1 63 Gen RET 63 Mutacje genu KRAS 64 Gen BRAF 65 Mutacje pominięcia eksonu 14 w genie MET (MET exon 14 skipping) 66 Geny NTRK 1-3 67 Gen ERBB2 (HER2) 68 Gen NRG-1 68 Gen FGFR 68 Materiał biologiczny do diagnostyki biomarkerów predykcyjnych/somatycznych raka płuca 70 Rodzaje materiału biologicznego 70 Płynna biopsja w diagnostyce biomarkerów 71 Istotne klinicznie zaburzenia genetyczne o charakterze germinalnym 72 Analiza wariantów germinalnych w badaniu INHERITY LC 73 Analiza wariantów germinalnych w badaniu GERMLUNG 73 Metody wykorzystywane w diagnostyce molekularnej raka płuca 74 Techniki real-time PCR 75 Fluorescencyjna hybrydyzacja in situ (FISH) 75 Sekwencjonowanie DNA metodą Sangera 76 Sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) 77 Techniki ultraczułe 78 4. Aspekty genetyczne w czerniaku – spojrzenie klinicystów – Grażyna Kamińska-Winciorek, Anna Małgorzata Czarnecka, Anna Szumera-Ciećkiewicz, Piotr Rutkowski 81 Mutacje germinalne predysponujące do rozwoju czerniaka 81 Poradnictwo genetyczne 84 Mutacje somatyczne w komórkach czerniaków 85 Prezentacje kliniczno-dermoskopowe czerniaków w aspekcie mutacji germinalnych 92 Mnogie pierwotne czerniaki 92 Czerniak występujący rodzinnie 94 Całościowe oceny dermoskopowa, wideodermoskopia cyfrowa z archiwizacją oraz całościowa fotografia ciała u osób z mutacjami germinalnymi 96 Wykorzystanie zmian genetycznych w diagnostyce histopatologicznej zmian melanocytarnych 97 5. Predyspozycje genetyczne oraz dziedziczne ryzyko raka trzustki – Joanna Huszno 105 Wstęp 105 Rak trzustki – predyspozycje genetyczne 106 Rak trzustki w przebiegu znanych zespołów genetycznych związanych z wysokim ryzykiem wystąpienia nowotworów 107 Zespół Peutza i Jeghersa 107 Zespół rodzinnego występowania raka trzustki i czerniaka (melanoma-pancreatic cancer syndrome/familial atypical multiple mole melanoma-pancreatic carcinoma syndrome, MPCS/FAMMM-PC) 108 Zespół dziedzicznego raka piersi i jajnika (hereditary breast and ovarian cancer, HBOC) 108 Zespół Lyncha (Lynch syndrome, LS) 109 Rodzinna polipowatość gruczolakowata (familial adenomatous polyposis, FAP) 110 Zespół rodzinnego występowania raka piersi i trzustki zależny od PALB 110 Zespół ataksja–telangiektazja (A-T) 111 Zespół Liego i Fraumeniego (Li–Fraumeni syndrome, LFS) 111 Rak trzustki powstający w wyniku stanów zapalnych trzustki związanych z rzadkimi chorobami genetycznymi 112 Mukowiscydoza (zwłóknienie torbielowate; cystic fibrosis, CF) 112 Zespół dziedzicznego zapalenia trzustki (hereditary pancreatitis) 112 Rodzinnie występujący rak trzustki (familial pancreatic cancer, FPC) 113 Nadzór nad pacjentami z wysokim ryzykiem raka trzustki 115 Zastosowanie diagnostyki molekularnej w terapii chorych na raka trzustki 119 Podsumowanie 120 Część II. Zasady diagnostyki molekularnej 123 6. Diagnostyka wariantów somatycznych – Dagmara Rusinek, Małgorzata Oczko-Wojciechowska 125 Wstęp 125 Medyczne laboratorium genetyczne – wymagania 126 Materiał badany: rodzaj materiału oraz wymagania 127 Materiał tkankowy utrwalony (formalin-fixed paraffin-embedded, FFPE) 128 Materiał cytologiczny 129 Materiał tkankowy mrożony, „świeży” 130 Biopsja płynna 130 Podstawowe metody detekcji wariantów somatycznych 131 Ilościowa reakcja PCR w czasie rzeczywistym (QPCR) 132 Sekwencjonowanie bezpośrednie metodą Sangera 132 Sekwencjonowanie następnej generacji 132 Zależna od ligacji multipleksowa amplifikacja sond (MLPA) 137 Raport z badania genetycznego z zakresu wariantów somatycznych 137 7. Diagnostyka wariantów germinalnych – Bartosz Wasąg 141 Wstęp 141 Aktualny stan wiedzy 142 Zasady diagnostyki 147 Zgoda pacjenta na wykonanie analiz mających na celu identyfikację wariantów germinalnych 147 Materiał do badań 148 Metodyka 150 Analiza wybranych genów 150 Analiza wielogenowa 151 Klasyfikacja wariantów genetycznych 152 Wytyczne dotyczące postępowania 153 Wskazania do poradnictwa genetycznego 153 Postępowanie u osób z wynikiem pozytywnym 153 Postępowanie u osób z wynikiem negatywnym 154 8. Diagnostyka genetyczna nowotworów wieku dziecięcego – Joanna Trubicka 157 Wstęp 157 Aktualny stan wiedzy 158 Markery diagnostyczne 159 Markery prognostyczne (rokownicze) i kwalifikacji do terapii celowanej 164 Markery do monitorowania skuteczności prowadzonych terapii 169 Markery predyspozycji do nowotworów 170 Wyzwania w diagnostyce genetycznej nowotworów dziecięcych 177 Kierunki rozwoju onkogenetyki dziecięcej 178 Rozwój narzędzi diagnostycznych z zastosowaniem technik sztucznej inteligencji 178 Badania genetyczne w rozwoju nowoczesnych form terapii w nowotworach dziecięcych 180 Zasady diagnostyki 182 Wytyczne 188 9. Diagnostyka molekularna i terapie celowane w onkologii – Andrzej Tysarowski 195 Wstęp 195 Diagnostyka molekularna 196 Podstawowy podział badań genetycznych wykonywanych w onkologii: badania genetyczne wariantów germinalnych i somatycznych 196 Organizacja i funkcjonowanie współczesnego laboratorium wykonującego kompleksowe badania genetyczne na potrzeby pacjentów onkologicznych 198 Techniki diagnostyki molekularnej 201 Terapie celowane 208 Rodzaje terapii celowanych 208 Znaczenie HRR i HRD 212 Terapie agnostyczne 214 Przyszłość onkologii molekularnej 218 Obszary rozwoju 218 Perspektywy rozwoju diagnostyki genetycznej w onkologii precyzyjnej – kompleksowe profilowanie genetyczne 219 Podsumowanie 221 10. Płynna biopsja – Adam Szpechciński 223 Wstęp 223 Zjawisko pozakomórkowych kwasów nukleinowych 225 Molekularne markery nowotworowe w płynnej biopsji 228 Stężenie cfDNA w osoczu 228 Integralność cfDNA 229 Markery niestabilności mikrosatelitarnej 231 Metylacja ctDNA 232 Analiza somatycznych wariantów molekularnych w ctDNA 233 Krążące komórki nowotworowe 235 Profile ekspresji pozakomórkowych mikroRNA 236 Zasady diagnostyki laboratoryjnej opartej na materiale genetycznym z płynnej biopsji 237 Aspekty fazy przedanalitycznej 237 Metody badania pozakomórkowych kwasów nukleinowych i krążących komórek nowotworowych 239 Aktualne możliwości wykorzystania płynnej biopsji w diagnostyce onkologicznej oraz wytyczne postępowania 245 Rak płuca 245 Rak jelita grubego 253 Rak gruczołu sutkowego 256 Rak gruczołu krokowego 259 Inne typy złośliwych guzów litych 261 Podsumowanie 261 Część III. Aspekty prawne 271 11. Onkogenetyka a nadrozpoznawalność (overdiagnosis) nowotworów – zagadnienia kliniczne i prawne – Aleksandra Jezela-Stanek, Ernest Jędrzejewski 273 Wstęp 273 Pojęcie nadrozpoznawalności 274 Nadrozpoznawalność w onkologii 276 Metodyka doboru badań genetycznych w wybranych sytuacjach klinicznych 278 Rak piersi (breast cancer, BC) 278 Rak prostaty (prostate cancer, PC) 279 Rak płuca (typ niedrobnokomórkowy – non-small cel lung cancer, NSCLC) 280 Rak jelita grubego (colorectal cancer, CRC) 281 Zagadnienia prawne 282 Wstęp 282 Zasady wykonywania zawodu lekarza a nadrozpoznawalność w onkologii 284 Prawa pacjenta 290 Podsumowanie 295 12. Prawa pacjenta w onkogenetyce – praktyka kliniczna – Ernest Jędrzejewski, Aleksandra Jezela-Stanek 297 Wstęp 297 Poradnictwo genetyczne w onkologii 298 Korzyści z poradnictwa genetycznego 298 Wyzwania i ograniczenia 299 Podstawowe zagadnienia z zakresu technik diagnostyki genetycznej 299 Prawa pacjenta w obszarze onkogenetyki – uwagi wstępne 300 Prawa pacjenta w praktyce klinicznej 302 Świadoma zgoda 302 Prawo do informacji 307 Prawa osób trzecich 309 Podsumowanie 312