ebook Onkogenetyka Klinika i diagnostyka molekularna z elementami poradnictwa genetycznego

Wydawca: PZWL

Rok wydania: 2025

Publikacja stanowi kompleksowe opracowanie poświęcone zagadnieniom z zakresu onkogenetyki, uwzględniające zarówno aspekty dziedzicznych predyspozycji do nowotworów, jak i analizę wariantów somatycznych mających znaczenie w diagnostyce i leczeniu. Monografię przygotowali eksperci z różnych dziedzin medycyny – genetycy, onkolodzy, dermatolodzy, biolodzy molekularni oraz prawnicy. Onkogenetyka jest skierowana przede wszystkim do lekarzy, genetyków, biologów molekularnych, diagnostów laboratoryjnych.

Spis treści ebooka Onkogenetyka

Część I. Aspekty kliniczne wybranych nowotworów 1

1. Dziedziczne uwarunkowanie raka piersi i jajnika – Cezary Cybulski, Jacek Gronwald, Jan Lubiński 3
Wstęp 3
Wprowadzenie 4
Kryteria rodowodowo-kliniczne dziedzicznego raka piersi i/lub jajnika 5
Badania kontrolne zalecane na podstawie rodowodowo-klinicznego rozpoznania zespołów HBC-ss, HBOC i HOC 6
Mutacje związane z predyspozycją do raka piersi i jajnika 8
Diagnostyka mutacji dla raka piersi i/lub jajnika – specyfika polskiej populacji 8
Mutacje genów BRCA1/2 10
Charakterystyka mutacji 10
Postępowanie medyczne u kobiet z mutacją genów BRCA1 lub BRCA2 11
Mutacje genu PALB2 16
Mutacje genu CHEK2 18
Mutacje genu NBN (NBS1) 21
Podsumowanie 22

2. Genetyka raka jelita grubego – Weronika Bulska-Będkowska, Jerzy Chudek 27
Wstęp 27
Charakterystyka kliniczna 27
Dziedziczne zespoły predyspozycji do raka jelita grubego 28
Zaburzenia genetyczne w sporadycznych nowotworach jelita grubego 32
Nowotwory wyrostka robaczkowego 39
Diagnostyka 40
Diagnostyka dziedzicznych zespołów predyspozycji do raka jelita grubego 40
Diagnostyka genetyczna nowotworów jelita grubego 42
Poradnictwo i badania rodzinne 43

3. Rak płuca – zaburzenia somatyczne i germinalne oraz ich znaczenie kliniczne – Adam Szpechciński, Aleksandra Jezela-Stanek, Joanna Chorostowska-Wynimko 53
Wprowadzenie 53
Istotne klinicznie zaburzenia molekularne o charakterze somatycznym 54
Gen EGFR 55
IKT EGFR pierwszej i drugiej generacji 57
IKT EGFR trzeciej generacji 58
Oporność na leczenie IKT EGFR 58
Gen ALK 60
IKT ALK pierwszej generacji 61
IKT ALK drugiej generacji 61
IKT ALK trzeciej generacji 62
Oporność na leczenie IKT ALK 62
Gen ROS1 63
Gen RET 63
Mutacje genu KRAS 64
Gen BRAF 65
Mutacje pominięcia eksonu 14 w genie MET (MET exon 14 skipping) 66
Geny NTRK 1-3 67
Gen ERBB2 (HER2) 68
Gen NRG-1 68
Gen FGFR 68
Materiał biologiczny do diagnostyki biomarkerów predykcyjnych/somatycznych raka płuca 70
Rodzaje materiału biologicznego 70
Płynna biopsja w diagnostyce biomarkerów 71
Istotne klinicznie zaburzenia genetyczne o charakterze germinalnym 72
Analiza wariantów germinalnych w badaniu INHERITY LC 73
Analiza wariantów germinalnych w badaniu GERMLUNG 73
Metody wykorzystywane w diagnostyce molekularnej raka płuca 74
Techniki real-time PCR 75
Fluorescencyjna hybrydyzacja in situ (FISH) 75
Sekwencjonowanie DNA metodą Sangera 76
Sekwencjonowanie nowej generacji (NGS) 77
Techniki ultraczułe 78

4. Aspekty genetyczne w czerniaku – spojrzenie klinicystów – Grażyna Kamińska-Winciorek, Anna Małgorzata Czarnecka, Anna Szumera-Ciećkiewicz, Piotr Rutkowski 81
Mutacje germinalne predysponujące do rozwoju czerniaka 81
Poradnictwo genetyczne 84
Mutacje somatyczne w komórkach czerniaków 85
Prezentacje kliniczno-dermoskopowe czerniaków w aspekcie mutacji germinalnych 92
Mnogie pierwotne czerniaki 92
Czerniak występujący rodzinnie 94
Całościowe oceny dermoskopowa, wideodermoskopia cyfrowa z archiwizacją oraz całościowa fotografia ciała u osób z mutacjami germinalnymi 96
Wykorzystanie zmian genetycznych w diagnostyce histopatologicznej zmian melanocytarnych 97

5. Predyspozycje genetyczne oraz dziedziczne ryzyko raka trzustki – Joanna Huszno 105
Wstęp 105
Rak trzustki – predyspozycje genetyczne 106
Rak trzustki w przebiegu znanych zespołów genetycznych związanych z wysokim ryzykiem wystąpienia nowotworów 107
Zespół Peutza i Jeghersa 107
Zespół rodzinnego występowania raka trzustki i czerniaka (melanoma-pancreatic cancer syndrome/familial atypical multiple mole melanoma-pancreatic carcinoma syndrome, MPCS/FAMMM-PC) 108
Zespół dziedzicznego raka piersi i jajnika (hereditary breast and ovarian cancer, HBOC) 108
Zespół Lyncha (Lynch syndrome, LS) 109
Rodzinna polipowatość gruczolakowata (familial adenomatous polyposis, FAP) 110
Zespół rodzinnego występowania raka piersi i trzustki zależny od PALB 110
Zespół ataksja–telangiektazja (A-T) 111
Zespół Liego i Fraumeniego (Li–Fraumeni syndrome, LFS) 111
Rak trzustki powstający w wyniku stanów zapalnych trzustki związanych z rzadkimi chorobami genetycznymi 112
Mukowiscydoza (zwłóknienie torbielowate, cystic fibrosis, CF) 112
Zespół dziedzicznego zapalenia trzustki (hereditary pancreatitis) 112
Rodzinnie występujący rak trzustki (familial pancreatic cancer, FPC) 113
Nadzór nad pacjentami z wysokim ryzykiem raka trzustki 115
Zastosowanie diagnostyki molekularnej w terapii chorych na raka trzustki 119
Podsumowanie 120

Część II. Zasady diagnostyki molekularnej 123

6. Diagnostyka wariantów somatycznych – Dagmara Rusinek, Małgorzata Oczko-Wojciechowska 125
Wstęp 125
Medyczne laboratorium genetyczne – wymagania 126
Materiał badany: rodzaj materiału oraz wymagania 127
Materiał tkankowy utrwalony (formalin-fixed paraffin-embedded, FFPE) 128
Materiał cytologiczny 129
Materiał tkankowy mrożony, „świeży” 130
Biopsja płynna 130
Podstawowe metody detekcji wariantów somatycznych 131
Ilościowa reakcja PCR w czasie rzeczywistym (QPCR) 132
Sekwencjonowanie bezpośrednie metodą Sangera 132
Sekwencjonowanie następnej generacji 132
Zależna od ligacji multipleksowa amplifikacja sond (MLPA) 137
Raport z badania genetycznego z zakresu wariantów somatycznych 137

7. Diagnostyka wariantów germinalnych – Bartosz Wasąg 141
Wstęp 141
Aktualny stan wiedzy 142
Zasady diagnostyki 147
Zgoda pacjenta na wykonanie analiz mających na celu identyfikację wariantów germinalnych 147
Materiał do badań 148
Metodyka 150
Analiza wybranych genów 150
Analiza wielogenowa 151
Klasyfikacja wariantów genetycznych 152
Wytyczne dotyczące postępowania 153
Wskazania do poradnictwa genetycznego 153
Postępowanie u osób z wynikiem pozytywnym 153
Postępowanie u osób z wynikiem negatywnym 154

8. Diagnostyka genetyczna nowotworów wieku dziecięcego – Joanna Trubicka 157
Wstęp 157
Aktualny stan wiedzy 158
Markery diagnostyczne 159
Markery prognostyczne (rokownicze) i kwalifikacji do terapii celowanej 164
Markery do monitorowania skuteczności prowadzonych terapii 169
Markery predyspozycji do nowotworów 170
Wyzwania w diagnostyce genetycznej nowotworów dziecięcych 177
Kierunki rozwoju onkogenetyki dziecięcej 178
Rozwój narzędzi diagnostycznych z zastosowaniem technik sztucznej inteligencji 178
Badania genetyczne w rozwoju nowoczesnych form terapii w nowotworach dziecięcych 180
Zasady diagnostyki 182
Wytyczne 188

9. Diagnostyka molekularna i terapie celowane w onkologii – Andrzej Tysarowski 195
Wstęp 195
Diagnostyka molekularna 196
Podstawowy podział badań genetycznych wykonywanych w onkologii: badania genetyczne wariantów germinalnych i somatycznych 196
Organizacja i funkcjonowanie współczesnego laboratorium wykonującego kompleksowe badania genetyczne na potrzeby pacjentów onkologicznych 198
Techniki diagnostyki molekularnej 201
Terapie celowane 208
Rodzaje terapii celowanych 208
Znaczenie HRR i HRD 212
Terapie agnostyczne 214
Przyszłość onkologii molekularnej 218
Obszary rozwoju 218
Perspektywy rozwoju diagnostyki genetycznej w onkologii precyzyjnej – kompleksowe profilowanie genetyczne 219
Podsumowanie 221

10. Płynna biopsja – Adam Szpechciński 223
Wstęp 223
Zjawisko pozakomórkowych kwasów nukleinowych 225
Molekularne markery nowotworowe w płynnej biopsji 228
Stężenie cfDNA w osoczu 228
Integralność cfDNA 229
Markery niestabilności mikrosatelitarnej 231
Metylacja ctDNA 232
Analiza somatycznych wariantów molekularnych w ctDNA 233
Krążące komórki nowotworowe 235
Profile ekspresji pozakomórkowych mikroRNA 236
Zasady diagnostyki laboratoryjnej opartej na materiale genetycznym z płynnej biopsji 237
Aspekty fazy przedanalitycznej 237
Metody badania pozakomórkowych kwasów nukleinowych i krążących komórek nowotworowych 239
Aktualne możliwości wykorzystania płynnej biopsji w diagnostyce onkologicznej oraz wytyczne postępowania 245
Rak płuca 245
Rak jelita grubego 253
Rak gruczołu sutkowego 256
Rak gruczołu krokowego 259
Inne typy złośliwych guzów litych 261
Podsumowanie 261

Część III. Aspekty prawne 271

11. Onkogenetyka a nadrozpoznawalność (overdiagnosis) nowotworów – zagadnienia kliniczne i prawne – Aleksandra Jezela-Stanek, Ernest Jędrzejewski 273
Wstęp 273
Pojęcie nadrozpoznawalności 274
Nadrozpoznawalność w onkologii 276
Metodyka doboru badań genetycznych w wybranych sytuacjach klinicznych 278
Rak piersi (breast cancer, BC) 278
Rak prostaty (prostate cancer, PC) 279
Rak płuca (typ niedrobnokomórkowy – non-small cel lung cancer, NSCLC) 280
Rak jelita grubego (colorectal cancer, CRC) 281
Zagadnienia prawne 282
Wstęp 282
Zasady wykonywania zawodu lekarza a nadrozpoznawalność w onkologii 284
Prawa pacjenta 290
Podsumowanie 295

12. Prawa pacjenta w onkogenetyce – praktyka kliniczna – Ernest Jędrzejewski, Aleksandra Jezela-Stanek 297
Wstęp 297
Poradnictwo genetyczne w onkologii 298
Korzyści z poradnictwa genetycznego 298
Wyzwania i ograniczenia 299
Podstawowe zagadnienia z zakresu technik diagnostyki genetycznej 299
Prawa pacjenta w obszarze onkogenetyki – uwagi wstępne 300
Prawa pacjenta w praktyce klinicznej 302
Świadoma zgoda 302
Prawo do informacji 307
Prawa osób trzecich 309
Podsumowanie 312